Bom, não apenas os códigos deste site, mas os que estão na documentação do WordPress, em sites de snippets e muitos outros lugares.
Recebo sempre perguntas sobre isso e a resposta é simples:
Em qualquer lugar que você quiser! Sim, ele é teu e você faz o que achar melhor com ele!
Por isso que eu e outras pessoas não falamos onde colocar o maldito código, simplesmente porque é da escolha de quem esta aplicando ele.
Entretanto existe 3 lugares que são, o que podemos dizer de “mais corretos” de se colocarem e irei explicar o “por quê”.
Leia mais “Onde coloco os malditos códigos que tem neste site no meu WordPress?”